Существует несколько версий происхождения названия города.
По одной из них топоним происходит от прозвища одного из первых поселенцев.
По другой легенде, один князь (предположительно Фёдор Михайлович Мстиславский) прилёг отдохнуть на берегу Волги, проснулся от того, что по его лицу проползла мышка. Вначале он рассердился, но потом увидел, что мышка спасла его от подползающей змеи.
На территории Мышкина практически нет промышленности. Основным направлением в развитии Мышкина является туризм.
Мышкин расположен на левом, высоком берегу Волги (Рыбинского водохранилища), напротив впадения реки Юхоть.
Первое письменное упоминание о Мышкине относится к 1605 году. Это жалованная грамота на село Мышкино в ярославском уезде, с деревнями и приселком Смельцовым, выдана за «московское осадное сидение, за службу и за кровь» боярину Даниле Ивановичу Мезецкому.
От боярина Мезецкого село переходит думному дьяку Прокофию Кузьмичу Елизарову. В конце XVII века Мышкин отходит во владения Чудова монастыря в Москве.
За период монастырского хозяйствования село заметно выросло.
В 1764 году после секуляризации монастырских земель, село Мышкин передано ведомству государственной экономии и названо слободой.
С 1777 года Мышкин имел статус города, закреплёненый 3 августа этого года указом Екатерины II.
Мышкин становится центром уезда, раскинувшегося в длину на 75 верст, в ширину от 8 до 45 верст, с населением 72205 жителей.
К середине XIX века Мышкин превращается в крупный центр ярмарочной торговли. Мышкин имел две годовых ярмарки – Борисоглебскую и Введенскую.
Торговцы на ярмарки съезжались из Рыбинска, Углича, Калязина, Кашина, Мологи, Романова-Борисоглебска, Весьегонска. Бывали купцы из Череповца и Устюжны. Храм Успения Пресвятой Богородицы — старейший собор города Мышкина. Возведен в 1805—1820 годах по проекту итальянского архитектора Иоганеса Манфрини.
Мышкин быстро и красиво застраивается, во многом благодаря купеческому меценатству. Появляются каменные дома, лавки, амбары. Интерьеры собора расписаны выдающимся крепостным художником Тимофеем Медведевым.
В 1875 году Ф. К. Опочинин при поддержке местного общества основал в Мышкине первую публичную библиотеку. При библиотеке была открыта типография.
О Мышкине середины XIX века написал И. С. Аксаков: «Городок крошечный, хотя и богатый капиталистами, тихий, мирный, не кляузный».
В начале XX века расцветает культурная жизнь Мышкина. В 1913—1915 годах действует дворянский клуб.
В 20-е годы в городе были педагогический техникум, драматический театр, метеостанция, естественно-исторический музей, картинная галерея, спортклуб, местная газета.
В 1927 году город стал селом Мышкино. Дворец мыши. Открыт в августе 2008 года в ходе международного фестиваля «Мышь-2008» (первый такой фестиваль прошёл в 1996 году).
XX век волнами революций и войн унёс навсегда прежний уклад жизни Мышкина, разметал по стране многих его жителей.
С 1943 по 1991 год это был посёлок городского типа.
В 40-50-е годы при создании большой Волги была затоплена нижняя часть города и большая часть территории района.
Активное строительство и благоустройство в Мышкине началось вновь в 70-е годы XX века, когда в Мышкине строятся два трубопровода и две перекачивающие станции: газокомпрессорная и нефтеперекачивающая.
В 1966 году группой краеведов создан комплекс музеев «Мышкинский народный музей».
Бессменным председателем совета музея остаётся Владимир Александрович Гречухин — мышкинский краевед, чью роль в развитии туризма в Мышкине переоценить очень сложно.
Складывался музей как детское и молодёжное объединение на добровольных началах, без всякой материальной поддержки властей.
После статей в областной прессе детской краеведческой организации было выделено здание кладбищенского храма иконы Божией Матери всех скорбящих Радости.
Через семь лет музею было передано бывшее здание столярной мастерской школы (бывший склад купца Калюкина).
В течение десяти лет велась борьба за создание музея под открытым небом, в итоге занявшем территорию от улицы Угличской до Студёного ручья.
Сюда помещались традиционные крестьянские постройки из местных сёл и деревень.
Регулярно проводились поисковые походы, дважды в год снаряжались экспедиции в соседние области и на русский Север.
Были собраны большая коллекция «Прялки Нечерноземья», коллекция крупных кованых изделий.
Первыми туристами в Мышкине были ученики местных школ, школьники из пионерлагерей, гости домов отдыха.
В 1986 году Мышкин включен в список исторических населенных мест РСФСР.
В 1988 году было возвращено имя Мышкин, а в 1991 году — статус города.
В 1991 году появился Музей мыши, сразу занявший особое положение.
Затем был создан «Музей Петра Арсеньевича Смирнова», русского «водочного короля», уроженца этих мест.
С середины 1990-х годов Мышкин становится крупным туристическим центром.
Именно этот музей к концу 2000-х годов привёл в город 50 тысяч туристов.
«Застывшая старина России» - так называют теперь город Мышкин.
Мышкин — это потрясающая история успеха и индивидуальных энтузиастов, и целого города.
